انیمه برین‌هلدر در تاریکی

در اعماق طبیعت، ریووتا موراکامی، فردی شکاک، و کورونوکو، فردی جاه‌طلب، در جست‌وجوی اثبات وجود حیات فرازمینی بودند که تصادفی غم‌انگیز رخ داد، و کورونوکو را از بین برده و ریووتا را در حالت زخمی و بحرانی رها کرد. ده سال از آن حادثه گذشته است و حالا ریووتا در زندگی عادی دبیرستانی خود به سر می‌برد. او عهد کرده است که برای یادبود دوست مرده‌اش ثابت کند موجودات فرازمینی واقعی هستند. روزی یک دانش‌آموز انتقالی به نام نِکو کوروها به طور ناگهانی ظاهر می‌شود، که شباهت عجیبی به کورونوکو دارد و حتی نامی مشابه با او دارد. غافلگیرکننده‌تر اینکه، به‌نظر می‌رسد او قدرت‌های فراطبیعی دارد. همزمان که ریووتا بیشتر به نِکو علاقه‌مند می‌شود، وارد دنیایی مرگبار می‌شود، جایی که دانشمندان خطرناک، جادوگرانی که از آزمایشگاه مخفی‌شان فرار کرده‌اند را شکار می‌کنند. نِکو یکی از این فراری‌هاست، اما تعداد بسیاری دیگر هم در وضعیت‌های مشابه قرار دارند و مسئولیت محافظت از آن‌ها بر عهده ریووتا است، در برابر کسانی که قصد اسارتشان را دارند.