انیمه رایلگان اس: علمی خاص

میکوتو میساگا و دوستانش بازگشته‌اند و در حال بررسی شایعات سراسر شهر آکادمی هستند. به زودی، میکوتو چیزی نگران‌کننده کشف می‌کند: آزمایش‌های مرگبار در سراسر شهر در حال انجام است که شامل قتل هزاران اسپر است. علاوه بر این، این اسپرها فقط افراد عادی نیستند؛ آن‌ها کلون‌های خود میکوتو هستند. احساس مسئولیت نسبت به نحوه‌ی درمان آن‌ها، او را وادار می‌کند که برای پایان دادن به این آزمایش‌ها تلاش کند؛ اما نیروهای مخالف او بسیار خطرناک‌تر از آن چیزی هستند که تصور می‌کرد، و میکوتو با برخی از قدرتمندترین اسپرهای ممکن روبرو می‌شود. توآرو کاگاکو نو ریل‌گان اس داستان ریل‌گان را ادامه می‌دهد، جایی که او برای پایان دادن به آزمایش‌های غیرانسانی که اعتقاد دارد خود نقش داشته است، به شدت مبارزه می‌کند و در این راه زندگی‌اش به عمق ناامیدی کشیده می‌شود. هیچ لحظه‌ای در شهر آکادمی خسته‌کننده نیست، اما هیچ‌کس نگفته است که همه‌ی آن‌ها خوشایند خواهند بود.